なおっきさんはどういう施設で何をやろうとしているのか？今どこまで準備（または業務）が出来ているとか、がわからないとどういう答えで良いのか何ともです。

これから特定健診をやりたいと考えている。大体分かっているが請求のことが分からない？
健診自体は始まっている？
XML化は出来る？
請求だけの事が分からない？

集合契約した時の資料に当然ながら書いてあるのですが。
見たけど分からないので･･･ということなのでしょうか？
少々細かい状況をご提示した方が良いです。

「請求する時に」何か申請とかはありません。

ご教示ありがとうございます
100床程度の病院で勤めていますが、今年から
特定健診をはじめることとなりました
レセプト請求のように総括表などがいるのかどうか
わかりません。9月からの実施の予約が入っています

｢請求時｣には何もいりません。　が事前に手続きは両者ともに何らかの書類申請は必要かと。　さらには暗号化ソフトも入手する必要があります。　両者のHPに手続き書類があります。

>9月からの実施の予約が入っています
ではもう契約は済ませてあるとして。契約書に書いてありますが。
そのうちＸＭＬデータの暗号化ＣＤが届きます。これをインストールしておいて。
健診結果をデータ化するソフト準備しておいて。

実施データを入力し、
月次に（５日締めとか）報告請求ＸＭＬデータを作成し、
暗号化ソフトにかけて暗号化してＣＤやＦＤに入れて（送付書類あり、簡単です）、
健保（代行機関）に送るだけ、となります。

請求はオンライン請求でするか、オフライン請求でするかで違うと思います。
当診療所ではオフラインでＦＤを作成して代行機関に郵送する形ですので参考までに下記に示しておきます。

支払基金では
http://www.ssk.or.jp/tokuteikenshin/index.html
を見れば良いと思います。
その中の
http://www.ssk.or.jp/tokuteikenshin/yoshiki/dl/yoshiki_t_04_01.doc
をダウンロードしてＦＤを暗号化して送付します。

国保連合会については都道府県によって電子媒体送付書の様式等が違うと思うので所在地の国保連合会に問い合わせれば教えていただけると思います。