純粋な国民保険ではなく、医師国保、建設国保のような保険者でしょうか？純粋な国民保険であれば市役所等に聞かれればよいと思います。
もし、医師国保であれば、医師国保に直接連合にいわれた事を伝え
どうすればよいか判断を仰ぐ必要があります。
データを必要としているのは連合会ではなく、保険者です。
保険者がいらないといえばいらない事になりますが、
保険者は連合会と契約を結んでいるので、保険者側から強くいってもらえれば、人間ドックの内容も連合会で受け取れるようにしてもらえると思います。

保険者（市町村国保か国保組合）と人間ドックの契約をされているかと思います。
その契約の中で、費用とデータのやりとりはどう決められていますか？

例えば、①人間ドックとして国保連へ全て請求、②人間ドックのうち、特定健診分だけを国保連へ請求（健診結果）、その他は保険者へ請求（+健診結果）という場合があるかと思います。
どちらの場合も保険者の手元には健診結果が報告されます。
どちらにするのかは、保険者が決めるかと思います。

契約を確認されても分からない場合は、その保険者へ照会してはどうでしょうか。